阴阳学说，贯穿在中医学理论体系的各个方面，用来说明人体的组织结构、生理功能、疾病的发生发展规律，并指导着临床诊断和治疗。
（一）在疾病诊断中的应用
中医学认为，人体的正常生命活动是阴阳两个方面保持着对立统一协调关系的结果。疾病发生、发展和变化的根本原因在于阴阳失调。任何疾病，尽管临床表现错综复杂，千变万化，但都可用阴或阳来加以概括辨析而运用于疾病的诊断辨证之中。
在诊法方面，用阴阳的属性来分析四诊收集到的临床症状和体征。例如，以面色皮肤色泽明暗分阴阳，鲜明者为病在阳分，晦暗者为病在阴分。以声息动态分阴阳，语声高亢洪亮、多言而躁动者，多属实、属热、为阳；语声低微无力、少言而沉静者，多属虚、属寒，为阴；呼吸有力，声高气粗，多属于阳；呼吸微弱，声低气怯，多属于阴。以脉象部位分阴阳，则寸为阳，尺为阴；以至数分，则数者为阳，迟者为阴；以形态分，则浮大洪滑为阳，沉小细涩为阴。
在临床辨证方面，首先要分清阴阳，才能抓住疾病的本质，做到执简驭繁。阴阳是八纲辨证的总纲，表证、实证、热证属于阳证，里证、虚证、寒证属于阴证。外科病证中的阴阳辨证，又有特殊的含义：疖、痈、丹毒、脓肿等，表现为红、肿、热、痛等症状，属于阳性疮疡；结核性感染、肿瘤等，表现为苍白、平塌、不热、麻木、不痛或隐痛等症状，属于阴性疮疡。
总之，无论望、闻、问、切四诊或辨证，都应以分别阴阳为首务，只有掌握住阴阳纲领，才能在辨证中正确地区别阴阳。
（二）在疾病治疗中的应用
治疗的基本原则是调整阴阳，即补其不足，泻其有余，恢复阴阳的相对平衡。阴阳学说用以指导疾病的治疗，主要有两个方面：一是确定治疗原则，二是归纳药物的性能。
1. 确定治疗原则
阴阳失调的基本病机是阴阳偏盛和阴阳偏衰。阴阳偏盛，又称“阴阳偏胜”，即阴或阳的过盛有余，为邪气有余之实证。阴阳偏盛的治疗原则是“损其有余”“实则泻之”。
• 阳盛则热属实热证，宜用寒凉药以制其阳，治热以寒，即“热者寒之”。
• 阴盛则寒属实寒证，宜用温热药以制其阴，治寒以热，即“寒者热之”。
若其相对一方出现偏衰时，则当兼顾其不足，配合以扶阳或益阴之法。
阴阳偏衰，即阴或阳的虚损不足，或为阴虚，或为阳虚。阴阳偏衰的治疗原则是“补其不足”“虚则补之”。
• 阴虚不能制阳而致阳亢者，属虚热证，一般不能用寒凉药直折其热，须“壮水之主，以制阳光”，即用滋阴壮水之法以抑制阳亢火盛，这种治疗原则亦称为“阳病治阴”。
• 若阳虚不能制阴而造成阴盛者，属虚寒证，不宜用辛温发散药以散阴寒，须“益火之源，以消阴翳”，即用扶阳益火之法以消退阴盛，这种治疗原则也称为“阴病治阳”。
对阴阳偏衰的治疗，明代张景岳根据阴阳互根的原理，提出了阴中求阳、阳中求阴的治法，即是指在用补阳药时，须佐用补阴药；在用补阴药时，须佐用补阳药，以发挥其互根互用的生化作用。
2. 归纳药物的性能
中药的性能，主要依据其气（性）、味和升降浮沉来决定，而药物的气、味和升降浮沉，又皆可用阴阳来归纳说明，作为指导临床用药的依据。
（1）药性
即寒、热、温、凉，又称“四气”。其中寒凉属阴（凉次于寒），温热属阳（温次于热）。
• 具有减轻或消除热证作用的中药，一般具有寒性或凉性，如黄芩、栀子等。
• 具有减轻或消除寒证作用的中药，一般具有温性或热性，如附子、干姜之类。
（2）五味
即辛、甘、酸、苦、咸。有些药物具有淡味或涩味，所以实际上不止五种。但是习惯上仍称为五味。其中辛、甘、淡属阳，酸、苦、咸属阴。
（3）升降浮沉
升是上升，降是下降，浮为浮散，沉为重镇等作用。大抵具有升阳、发表、祛风、散寒、涌吐、开窍等功效的药物，多上行向外，其性升浮，升浮者为阳；具有泻下、清热、利尿、重镇安神、潜阳息风、消导积滞、降逆、收敛等功效的药物，多下行向内，其性皆沉降，沉降者为阴。
总之，治疗疾病，就是根据病证的阴阳偏盛偏衰情况，确定治疗原则，再结合药物性能的阴阳属性，选择相应的药物，以纠正由疾病引起的阴阳失调状态，从而达到治愈疾病之目的。
